Program Doktor adalah software pendidikan strata 3 (S3) yang ditujukan untuk memperoleh gelar akademik doktor sebagai gelar akademik tertinggi.  Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Program dan Kebudayaan RI No. 212/U/1999, tanggal 6 September 1999 tentang Pedoman Penyelenggaraan Program Doktor. Tujuan dari pendidikan doktor adalah untuk menghasilkan lulusan yang mempunyai kualifikasi sebagai berikut :berjiwa Pancasila dan memiliki integritas ilmiah,bersifat terbuka, tanggap terhadap perkembangan ilmu, teknologi, dan kesenian, serta permasalahan yang dihadapi masyarakat,memiliki wawasan dan kemampuan dasar keilmuan dan keterampilan teknis yang diperlukan untuk mengadaptasi dan/Program atau menciptakan metodologi baru yang akan dipergunakannya dalam melakukan telaah taat kaidah,menguasai pendekatan teori, konsep, dan paradigma yang paling sesuai dengan bidang keahliannya,akrab dengan permasalahan dan karya serta pemikiran mutakhir para ahli dalam kawasan keahliannya,mampu mengembangkan pengetahuan dan keterampilan dalam kawasan keahliannya untuk menemukan jawaban dan/atau menyelesaikan permasalahan yang kompleks termasuk memerlukan pendekatan lintas disiplin, danmampu mengkomunikasikan pemikiran serta hasil karyanya baik dengan sejawat maupun khalayak yang lebih luas.

Masa studi application doktor adalah 3 (tiga) tahun atau 6 (enam) semester. Pada kondisi tertentu yang dinilai memenuhi persyaratan oleh Pimpinan SPs dan dengan persetujuan komisi pembimbing serta ketua Program studi, mahasiswa dapat mengajukan perpanjangan masa studi. Perpanjangan masa studi ini dapat diberikan kepada mahasiswa secara bertahap paling lama 5 (lima) tahun dan dapat diperpanjang 2 (dua) x three (tiga) bulan jika memenuhi ketentuan.

Untuk meraih gelar Doktor, setiap Program studi mensyaratkan mahasiswanya mengikuti kegiatan perkuliahan dan melaksanakan penelitian untuk menulis disertasi. Dengan demikian seluruh persyaratan untuk meraih gelar Doktor harus dipenuhi paling lama dalam waktu tidak lebih dari 5,5 (lima setengah) tahun atau eleven (sebelas) semester sejak mahasiswa terdaftar di SPs.

Mahasiswa pada program doktor paling sedikit harus mengikuti 2 (dua) tahun kuliah dan penelitian beban penuh di SPs-IPB sebelum dapat mengikuti ujian disertasi.

Untuk menyelesaikan application doktor jumlah sks yang harus dikumpulkan adalah sebagai berikut :Kuliah (termasuk bahasa Inggris) =  13-17 sksTugas akhir =  28-32 sks

Jumlah tersebut merupakan batas minimum yang harus dipenuhi dalam memperoleh gelar doktor di Sekolah Pascarjana Institut Pertanian Bogor.

Perkuliahan tersebut ditujukan untuk membina mahasiswa agar memiliki wawasan dan kemampuan dasar keilmuan dan keterampilan teknis yang diperlukan dalam merancang, melaksanakan, menganalisis, dan menyimpulkan hasil penelitian serta mempublikasikannya dalam jurnal ilmiah dan menyusun disertasi.  Dengan demikian, perkuliahan merupakan pilar kompetensi mahasiswa dalam melaksanakan penelitian yang berkualitas.

Mata kuliah yang diambil dalam application doktor harus yang sifatnya lanjut (advanced) yang ditunjukkan dengan kode nomor mata kuliah seri six hundred dan seri 700. Mata-mata kuliah seri 500 diperkenankan untuk diambil dan akan dicantumkan dalam transkrip, meskipun tidak diperhitungkan dalam penetapan jumlah SKS minimum dan Nilai Mutu Rata-rata. Topik khusus (PPs seven-hundred) dapat diambil oleh mahasiswa application doktor yang diperhitungkan dalam SKS adalah maksimum 3 SKS untuk jalur perkuliahan.

Program doktor dapat pula ditempuh dengan jalur perkuliahan melalui program magister menuju doktor sarjana unggul (PMDSU).  Berdasarkan Permenristek Dikti Nomor 44 tahun 2015, bahwa application magister yang melanjutkan ke application doktor harus menyelesaikan program magister sebelum menyelesaikan program doktor, maka mahasiswa PMDSU harus menyelesaikan program S2, mempunyai makalah yang relevan yang dipublikasi atau diterima untuk dipublikasi pada jurnal ilmiah terakreditasi, mendapat rekomendasi dari komisi pembimbing, ketua Program studi, sponsor dan pimpinan instansi tempat bekerja yang dibuktikan dengan surat persetujuan dari seluruh pihak yang terkait, serta membuat idea penelitian yang berbobot untuk penelitian software doktor dan 2 kali seminar masing-masing 1 SKS.

Untuk application PMDSU ini, beban sks yang harus ditempuh :

Program magisterKuliah (termasuk bahasa Inggris) =  27 sksTugas akhir =  12 sks

Program doktorKuliah (termasuk bahasa Inggris) =  16 sksTugas akhir =  29 sks

Evaluasi Kemajuan Studi Program Doktor

Evaluasi kemajuan mahasiswa dilakukan pada setiap akhir semester dengan tolak ukur IPK pada semester yang terakhir, IPK kumulatif, dan kesesuaian perkembangan studi dengan tahapan yang diharapkan :Mahasiswa application doktor jalur perkuliahan wajib mempublikasikan hasil penelitiannya minimum 1 (satu) artikel dalam jurnal ilmiah internasional atau 1 (satu) artikel dalam jurnal ilmiah nasional yang terakreditasi sebelum melaksanakan ujian tertutup. Dalam keadaan terpaksa, mahasiswa dapat menunjukkan bukti bahwa artikelnya telah diterima untuk publikasi yang dinyatakan dengan surat resmi penerimaan artikel dari penerbit jurnal ilmiah yang menyebutkan quantity, nomor, dan tahun penerbitan jurnal yang bersangkutan.Mahasiswa yang tidak menunjukkan kemajuan yang memuaskan akan mendapat surat teguran secara bertahap, mulai dari Surat Peringatan Masa Studi, meningkat ke Surat Peringatan, Surat Peringatan Keras, Surat Proses DO (drop out). Bila peringatan secara bertahap tersebut tidak dipenuhi, maka mahasiswa akan dihentikan studinya melalui Surat DO yang ditetapkan oleh SPs. Mahasiswa S3 yang sudah di drop out (DO) dari SPs IPB tidak diperkenankan untuk mendaftar kembali pada program S3 di SPs IPB.

Komisi pembimbing mahasiswa application doktor berjumlah three (tiga) orang dan apabila sangat diperlukan dapat ditambah hingga 5 (lima) orang yang diketuai oleh seorang guru besar IPB dengan anggota komisi bergelar doktor. Anggota komisi pembimbing dapat berasal dari luar Program studi pilihan atau dari instansi/perguruan tinggi di luar IPB yang kewenangannya diakui oleh SPs. Bagi Program studi yang belum mempunyai staf pengajar guru besar, komisi pembimbing dapat diketuai oleh seorang doktor minimum dengan jabatan lektor kepala dengan catatan salah seorang anggota komisi harus seorang guru besar.

Komisi pembimbing sudah ditentukan paling lambat pada akhir semester 1 (satu), kecuali untuk program doktor jalur penelitian, paling tidak ketua komisi pembimbing sudah ditentukan pada saat mahasiswa diterima di SPs berdasarkan rencana penelitian yang diusulkannya. Jika karena suatu hal memerlukan pembimbing dari luar IPB, maka pembimbing tersebut diangkat berdasarkan penilaian terhadap curriculum vitae (CV). Pembimbing dari luar IPB tidak boleh lebih dari satu orang. Pengangkatan komisi pembimbing dilakukan dengan SK Dekan SPs.

Komisi pembimbing membantu penyusunan mata kuliah (Program Doktor Jalur Perkuliahan) serta memberikan bimbingan kepada mahasiswa dari sejak penyusunan usulan, pelaksanaan penelitian sampai publikasi dan penulisan disertasi. Komisi pembimbing dengan diketahui oleh ketua Program studi dapat mengusulkan penghentian studi mahasiswa kepada Dekan jika mahasiswa dianggap tidak menunjukkan kemajuan.

Mahasiswa software doktor diwajibkan untuk mengikuti ujian kualifikasi untuk menjamin penguasaan ilmu dan kesiapan melakukan penelitian. Ujian kualifikasi boleh dilaksanakan setelah mahasiswa menyelesaikan minimal 12 sks. Pelaksanaan ujian kualifikasi diatur oleh Program studi yang bersangkutan dan dilaksanakan oleh panitia ujian kualifikasi di masing-masing Program studi. Ujian kualifikasi dilakukan dalam bentuk ujian tertulis dan dalam bentuk ujian lisan yang mencakup hal-hal sebagai berikut:penguasaan metodologi penelitian di bidang ilmunya,penguasaaan materi bidang ilmunya baik yang bersifat dasar maupun kekhususan,kemampuan penalaran termasuk kemampuan untuk mengadakan abstraksi;kemampuan sistematisasi dan perumusan hasil pemikiran.

Mahasiswa melakukan ujian kualifikasi paling lambat pada akhir semester ke three (tiga) dengan catatan sudah memiliki susunan komisi pembimbing.  Ujian kualifikasi lisan dilakukan apabila mahasiswa telah lulus ujian kualifikasi tertulis.

Ujian kualifikasi ditempuh maksimum dua kali.  Mahasiswa yang gagal lulus ujian kualifikasi untuk kedua kalinya tidak diperkenankan untuk mengikuti software doktor selanjutnya.Kolokium

Mahasiswa application Magister Sains wajib mempresentasikan proposal penelitian dalam mata ajaran kolokium sebelum penelitian dilaksanakan.